中共中央总书记习近平在中共中央政治局第六次集体学习时再次强调，要划定并严守生态红线，牢固树立生态红线的观念。在生态环境保护问题上，就是要不能越雷池一步，否则就应受到惩罚。中共中央十八届三中全会更是把划定生态保护红线作为改革生态环境保护管理体制、推进生态文明制度建设最重要、最优先的任务。可见，生态红线提出后，其受关注程度和重要地位不断上升，划定生态红线已经不仅仅是生态保护领域的重点工作，更是成为生态文明制度建设的关键内容，成为国家生态安全和经济社会可持续发展的基础性保障。
为推进生态保护红线划定工作，环境保护部自2012年提出编制《指南》的重点任务，委托环境保护部南京环境科学研究所等相关技术单位承担编制工作。经过一年多的时间，技术单位在系统研究国内外生态红线划定相关理论与方法的基础上，通过技术研讨、科学论证、试点验证、征求意见等工作的开展，完成了《指南》编制工作。《指南》的出台，旨在贯彻落实党中央和国务院关于划定生态保护红线、加强生态环境空间管制的总体要求，抓紧在全国划定并实施生态保护红线管制，加强对生态红线划定过程中的技术指导。
技术研讨：为了统一对生态红线的认识，探讨生态红线划定的关键技术，总结国内外现有研究成果和实践经验，环境保护部于2012年3月组织召开全国生态红线划定技术研讨会，邀请国内知名专家和主要省份环保厅管理者对生态红线的概念、内涵、划定技术与方法进行了深入研讨和交流，并对全国生态红线划定工作进行了总体部署。
科学论证：2012年4~10月，生态红线技术组草拟了《全国生态红线划定技术指南》，初步制定生态红线划定技术方法，形成《全国生态红线划定技术指南》。为确保生态红线划定的科学性和可操作性，先后两次组织专家对《指南》进行论证，听取和采纳科研院所学术专家和不同行业主管部门管理专家意见，从理论方法与操作性层面统一了认识。
试点验证：为验证《指南》的科学性和可操作性，为全国范围生态红线划定工作的开展积累经验，2012年底，环境保护部召开生态红线划定试点启动会，确定内蒙古、江西为红线划定试点，随后，湖北和广西也被列为红线划定试点。2013年技术组全面开展了试点省生态红线划定工作，提出了试点省生态红线划分方案，并进一步完善了《指南》。
实地调研：在划定试点省生态红线过程中，技术组分别于2013年5~8月陆续开展了内蒙古、江西、广西、湖北等省生态红线区域实地调查，充分听取了地方政府各部门意见和建议，为《指南》的修改完善提供了有利的工作基础条件。