为加强保护区的管理与建设，上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理处结合保护区工作实际，建设了一批用于科普宣传、环境教育以及日常管理的警示及标识系统。
保护区结合农业农村部关于长江及水生生物保护区“十年禁捕”的通告精神，进一步巩固了“三无”船舶整治成效，坚持对“三无”船舶进行常态化管理，并在保护区26.9公里长的围堤外侧的8个醒目位置刷制了“禁止驶入”警示标语。
东滩地区湿度大，盐碱度高，野外环境气候恶劣，保护区社区事务科前期经实地考察，结合保护区的环境特点，在北八滧至3-1涵闸、奚家港至白港沿线大堤保护区范围更新了警示管理系统，以更好地发挥科普宣传、环境教育以及日常管理的警示作用。