为掌握崇明东滩鸟类国家级自然保护区水域水体环境和生物资源本底特征状况，为长江口中华鲟资源保护提供数据支撑，同时为保护区的管理和决策提供参考依据，保护区于2020年首次开展了水域环境资源监测工作。目前，本年度的监测工作已经圆满完成，取得了预定的成果。
该项监测工作对保护区及邻近水域的水生态环境、水沙动态、水生生物资源和中华鲟种群进行了季节性调查和监测。调查期间，保护区水域共调查到浮游植物4门68种；浮游动物12大类49种；底栖动物底泥中7门20种，阿氏网中3门27种；潮间带鱼类11目25种；潮下带水生生物3类48种，其中鱼类10目28种，节肢动物14种，软体动物6种。本年度调查分析了保护区水域春、夏、秋、冬四季度水文、水质和沉积物状况。完成了年度水文和沉积动力现状分析，并进行了年际对比。分析了春、夏、秋、冬四季度潮下带水生生物资源状况，以及夏、秋两季度潮间带水生生物资源状况，基本掌握了调查水域浮游植物、浮游动物、底栖生物、早期资源、水生维管束植物和渔业资源的本底特征。