上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区实施了互花米草生态控制与鸟类栖息地优化工程后，有效控制互花米草扩张并优化了鸟类栖息地，鸟类种群数量均有明显提升。生态修复工程的规模史无前例，管理经验也无成功案例可参照，上海市崇明东滩自然保护区管理事务中心延续工程实施期间的专研精神，在实现消灭互花米草、构建水鸟栖息地的工程目标后，在摸索中前行，继续通过科学调度和有效管理来实现修复区可持续的生态效益。
水位管理是栖息地管理工作中的一大重点。大量研究表明，水深是影响水鸟栖息地利用的最主要因子。对不同水鸟而言，水深决定了湿地的可利用性。栖息地水深条件的异质性可以增加栖息地微生境的多样性，使之能容纳不同水鸟。生态修复区通过4个涵闸对围内进行一级调蓄水，4个泵站和19个水闸对生境单元进行二级调蓄水，根据各生境单元内的优先种群的时空分布、生活习性、生境需求，编制生态用水调度方案，确保不同的生境单元内用水需求。现各项水工设施已全面投入运行1年多，管理中心相关科室在关注设备运行过程中，不断优化，研究更适合东滩的设施设备及管理办法。为更好更精细进行水位控制，水位标尺的准确性及有效标示性极为重要。排水闸闸门口的水位标尺是每个排水闸闸门启闭的重要定位依据，直接影响每个功能区的水位控制，保护区在2020年增加数字喷绘标识，辅助电子水位计并提高闸门定位精确度。本年度又增加不锈钢标尺增加在高盐高湿环境下数字标识的耐久度及清晰度。东滩管理中心每年都在栖息地管理工作中发现问题，解决问题，在摸索中不断前行，总结出一套可行、科学、有效的管理办法。