由细菌和真菌引起的疾病，尤其是一些感染性疾病是兽医临床中最常见的疾病类型之一，这类疾病的治疗需要建立在明悉病原及了解它的理化性质的基础上，菌种鉴定就是所有工作的开端，即所谓的“有的放矢”。
上海动物园的兽医临检实验室承担着常见菌菌种的鉴定工作，通常我们采用两种手段对已经过分离培养的菌种样本进行种属鉴定：一是显微形态观察与鉴定，通过显微镜观察染色/非染色菌体的颜色与形态特征进行判断；二是分子生物学手段，通过扩增细菌16S/真菌ITS1/2特定片段，将序列与GENBANK及一些在线细菌、真菌数据库库序列信息进行比对来判断。
近日，上海动物园科研工作人员对临床采集已经培养一段时间的真菌样本进行分离鉴定，确定菌种后即可针对性地对患病动物或带菌环境进行用药防治。