步入2011年后，崇明东滩将以科普教育基地为宣教平台，开展各类环境教育和科普宣传的主题日活动，将每个月第二周的周二设立为科普教育基地科普活动日。每个活动日都将会设立相应的主题，根据每个月不同的节日、特殊节日与活动日主题相结合，以提高公众知晓度，使普通民众能更好地参与其中。
举办这样的活动主要是能让公众了解湿地、鸟类、人类的关系、了解湿地保护的重要性；让保护环境、保护湿地成为公众的一种自觉行动；增加公众对这样形式的活动的参与性，以提高普通参观者对湿地的认识；同时提高科普教育基地人员对组织、参与实践活动的能力。
这种形式的活动主要是以宣传科普教育及崇明东滩鸟类国家级自然保护区、湿地与鸟类的保护为主；倡导公众积极响应科普教育活动，尽自己一份力，为科普教育、环境保护做一份贡献。
2011年1月11日是今年崇明东滩第一个科普教育基地的第一个活动日，科普教育基地内以宣传横幅和展板标语提醒大家共同参与；捕鱼港管护站通行证办理处介绍通行证办理的意义与重要性；捕鱼港管护站通行证办理处，在办理通行证的同时能领取明信片一张，填写好明信片至标本馆换取宣传纪念品，或在茶室和标本馆回答小问题也可获得宣传纪念品；科普教育基地入口处工作人员向参观者介绍基地参观路线及活动简介；茶室及标本馆均有湿地、鸟类的宣传展板供公众参观；崇明东滩鸟类自然保护区管理处及科普教育基地现场发放宣传纪念品给参与活动的公众。
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在崇明县政府和上海市绿化和市容管理局的支持和推进下，保护区在东滩湿地捕鱼港管护站98大堤外围开展建设东滩鸟类科普教育基地项目，提供公众免费参观的公益宣教设施，以进一步完善保护区科普教育及生态体验功能，增强游客“观鸟、爱鸟、护鸟”和保护湿地的意识，同时支持崇明生态岛的建设，更好地发挥“后世博效应”，充分宣传展示上海世博会展示的理念和技术在崇明东滩的应用和实践。
崇明东滩鸟类国家级自然保护区科普教育基地是崇明生态岛生态基础设施建设的重要组成部分。 2010年9月22日基地的4号馆标本馆及2号馆已经对外试运行。科普教育基地内能开展各种类型的宣传教育活动，塑造崇明东滩国际重要湿地和国家级示范保护区的形象，让各相关利益方充分认识保护区对东滩、对崇明、对上海、对中国乃至对全世界在生物多样性和湿地保护的重要性，并认识到保护区与其利益密切相关的联系，让东滩湿地的保护受到全社会的关注和重视，使其自觉并主动参与到东滩鸟类和湿地保护的行动中。