上海位于长江入海口，是候鸟重要的中途停歇地和越冬地。同步水鸟调查指的是在不同地点，在同一时间内，按照统一方法对水鸟进行种类识别和计数，是了解大范围内水鸟状况的重要手段。在欧洲和美洲，大范围的同步调查已经有200年的历史，几乎所有鸟类的基本分布和迁徙规律已经摸清，而我国，这种调查才刚刚起步。为了摸清长江流域水鸟及其栖息地的状况，2004年和2005年，国家林业局和世界自然基金会合作，在长江中下游五省一市(上海、江苏、安徽、江西、湖南、湖北)开展了两次越冬水鸟同步调查，提供了一大批重要基础资料。调查结束后，依据调查结果，长江流域成立了一系列湿地类型的自然保护区和其他形式的保护机构。事隔五年后，为了了解这一地区水鸟的变化情况，国家林业局湿地保护管理中心和世界自然基金会再次合作，在2011年1月开展了第三次长江中下游水鸟同步调查。上海地区也是此次调查区域之一。
参加本次调查活动的主要单位包括：上海市绿化市容局野生动植物保护管理处、上海市野生动植物保护管理站、崇明东滩鸟类国家级自然保护区、九段沙湿地国家级自然保护区、上海野鸟会、相关区县林业站。复旦大学的马志军教授担任这次调查上海区域的技术指导。
2011年1月15日到23日，调查组成员对十个区域进行了调查。2月16日，调查组在市保护站召开了专题报告会，蔡友铭副局长和丁勤华副总工出席了报告会。会上，马志军教授对调查结果进行了简单介绍。通过本次调查，记录到水鸟64种21435只。这些鸟类主要分布在崇明东滩 (6053只)，九段沙(4429只)和浦东边滩(3966只)。这表明自然保护区和禁猎区的建立对水鸟的保护起到了重要作用。和2005年的调查相比，鸟类种数基本没有变化，而数量略有上升。蔡友铭副局长对这次调查的意义进行了充分肯定。
下一步，相关部门将针对调查结果，组织开展栖息地的保护和修复，做好上海地区的水鸟保护工作。