苏州河合流污水治理一期工程开工。1988年至1993年，苏州河合流污水治理一期工程建成一条长34.28公里的双孔地下箱涵，将干流沿途近200家企业废水和初期雨水收纳其中，为苏州河综合整治奠定了重要基础。
漫长的治理重在机制。1996年，上海市苏州河环境综合整治领导小组成立，市长亲自挂帅，下设专职办公室。这个机制延续至今。1998年，苏州河环境综合整治一期工程开工，苏州河环境10年综合整治的大幕正式开启。此后，上海市委、市政府一年连一年、一届连一届地肩负起这一历史重任，整治力度不断加码。特别是进入新世纪后，苏州河环境综合整治被确定为上海城市管理和环境建设的重中之重，并于2002年列入市政府“一号工程”。
2002年，苏州河综合整治一期工程竣工。至此，其水色告别墨汁黑。数据为证，苏州河干流已基本消除黑臭，主要水质指标基本达到5类景观水标准。
治水
科学治污、整体推进，上海终圆“清水梦”
梦清园是苏州河综合整治中诞生的一颗明珠。作为苏州河上第一块大型开放绿地、第一个活水公园，梦清园三面临水，集园林绿化、科普教育场馆、水环境治理工程于一体。梦清园的水之所以能称为“活水”，是因为园内所有的湖、泉和湿地的水源全部来自苏州河。河水被抽取后会经过一层层的台阶瀑布，让水流与空气充分接触，从而增加了水中的氧含量。随后水流入一片湿地，污水在表层流动，利用生长在表面的生物膜和丰富的植物根系降解污染物。水底还分布着众多布气管，它们均向水流排出氧气，又一次增加了水体的含氧量。这就是梦清园特有的苏州河景观水体生物净化系统。
苏州河治理取得成效，赢在科学治理。苏州河以科研领先，开展了污染源调查，建立了污染源数据库和水环境污染源地理信息系统；开展了河道调水试验、沿岸泵站雨水溢流的科技攻关，攻克了多个整治关键性技术。在河道整治过程中，上海将重要污染源——沿岸工厂、环卫码头、禽畜牧场纷纷“请出去”，集中搬入工业园区。
自一期工程基本建成后，上海市政府又相继于2003年和2006年开展苏州河环境综合整治二期、三期工程建设。苏州河的治理是整体推进、综合治理。2003年4月起，围绕“治水”这个中心启动的苏州河整治二期工程，正式将苏州河综合整治范围拓宽至全流域。上海不仅继续治理苏州河的七大支流，还对那些或穿流经过居民新村，或散布农村田间的水环境“毛细血管”进行梳理，2006年开启的“万河整治”对整个水网进行调控，上海地区的水系水质整体转好。为此，苏州河环境综合整治工程获得奥地利2004年“能源全球奖”。