市市容环卫水上管理处既要挑起保障黄浦江、苏州河和长江口市管水域市容环境的艰巨任务，又要肩负起引导和引领各区推进开展水域市容环境管理和执法工作的重任。为此，必须强化长效机制的建设，依靠各类平台为抓手，不断提升水域市容环境的管理水平。
一是强化横向管理部门之间的联动机制。在执法领域，与海事、港口、水上公安、航道等执法部门深化了渣土泥浆共商平台，有效控制了全市渣土泥浆中转码头违法行为对水域市容环境的污染；与市堤防处、水务执法总队、地方海事局等部门探索建立了涉海（水）执法平台，开展了多次黄浦江、苏州河以及中小河道的联合执法整治；与海洋监察总队、海事局、海警、渔政等单位建立了长江口水域联合执法平台，加强了对污染水域的违法行为的打击力度。在管理领域，与堤防处、水文总站、地方海事局等部门深化了安全联席会议平台，加强了苏州河底泥疏浚、水生植物整治、信息化资源共享等方面的合作，有效提升了水域市容环卫的管理效能。
二是强化市与区两级职能部门的协作机制。每年年初，牵头全市各区县绿化市容和城管部门，召开了水域市容环卫、城管执法行业工作会议，提供交流平台，部署推进全年工作；与黄浦江、苏州河沿线城管部门，建立了“一江一河”的四联（联勤、联动、联控、联防）机制，按属地化管理原则，共同控制好河道及沿岸违法行为；以每季度召开区管水域市容环境卫生工作例会的形式，与各区市容管理部门加强工作交流，协调解决工作难点问题。
三是强化了与外省市相关管理部门的协调机制。结合水生植物拦截和整治的工作需要，积极探索加强与江浙两省市相关部门的联系沟通，共同推进太湖流域的水环境综合治理。
