自2011年下半年开始，市绿化和市容管理信息中心会同崇明东滩鸟类自然保护区管理处相关工作人员对其现有的业务工作进行梳理与分析，并在此基础上开展“崇明东滩自然保护区管理信息系统”的建设工作，以加强崇明东滩鸟类自然保护区管理处的信息化管理，满足保护区野外巡护、科研监测、宣传教育、国际交流等多方面的工作要求，目前该系统开发工作已基本完成。
“崇明东滩自然保护区管理信息系统” 通过单点登录方式与原有的绿化市容信息共享平台进行整合，集成办公自动化、BizShare信息共享平台等应用，整合野外巡护、通行证管理、执法管理、科学研究、宣传教育、文献资料、电子警察等子系统应用，同步实现GIS系统在移动终端的应用，为整合保护区各类信息资源、提高保护区管理工作效率提供了有效技术手段。目前，该系统开发工作已基本完成，并即将上线试运行。