作为长江入海口国际大都市，上海不仅是人口密集区，也是野生动物集散地。首先，由于特殊的地理位置，上海是迁徙候鸟的中途停歇地和越冬地，每年有100多万只候鸟栖息于城市绿地林地、沿江沿海湿地和自然保护区。其次，上海人烟密集，经济发达，周边各种家禽家畜养殖场众多，动物贸易（包括野生动物贸易）的活跃也加大了野生动物和人类接触的机会。
鉴于此种情况，2005年来按照国家林业局和上海市政府关于开展野生鸟类传播高致病性禽流感监控工作要求，在国家林业局野生动物疫源疫病监测总站和市重大动物疫病指挥部办公室的具体指导下，上海初步建立了野生动物疫源疫病监测体系，共建立了25个国家级和市级监测站点。作为上海条件较为成熟的七个基层站点之一的上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区，主要负责按检测单位要求在规定时间内采集、协助运输样品。
本年度的保护区采样工作已按计划于近日启动。去年，保护区管理处邀请华师大技术人员在采样工作开始前对采样人员进行培训，取得了不错的效果，降低了样品污染率并提高了采样质量。今年保护区将继续邀请华师大相关技术人员莅临指导，进一步提高保护区的样品采集能力。采样工作开始至今共采集6种43只个体，86个样品。整体采样工作正在有条不紊地进行中。