2011年5月长兴岛创建港及附近水域倾倒建筑渣土的违规行为，给水上交通安全和水域环境带来很大隐患。根据上海市政府专题会议精神要求，为切实维护长江航运安全和水域清洁，坚决遏制随意处置和倾倒建筑渣土的违规行为。崇明县海事等相关部门取缔了未备案的长兴创建码头。
2012年6月，上海巧春物流有限公司向崇明县渣土管理办公室提出长兴客运公司装卸码头作为中转渣土码头的备案申请。针对上海市渣土及建筑垃圾处置困难的问题，结合崇明县岛屿缺土特性，本着资源化综合利用，倡导资源共享，拓展处置出路的实际情况，县渣土办经现场实地考察，走访听取长兴开发公司、长兴海洋装备基地等意见，发现崇明县基础建设缺土，同时也能缓解上海市工程渣土处置难的问题，经决定同意上海巧春物流有限公司（长兴客运码头）作为中转码头的备案申请报告。
6月中旬县渣土办将码头申请材料及上海市交通运输和港口局渣土码头批复、海事备案等相关材料送往市废弃物管理处审批，并通过市废弃物管理处统一协调安排崇明、浦东两区管理部门及码头负责人就码头运营工作的启动，经研究讨论市要求两区渣土管理部门对码头装点进行监管，并做日统计月报表的形式上报市废弃物管理处备案，通过市废弃物管理处协调，日前该码头正式运营。