2012年8月17日，根据国家自然科学基金委员会网站公布情况，上海辰山植物园申报的《自然杂交对濒危植物越南青冈遗传多样性和适应性的影响》、《中国-日本-朝鲜间断分布植物天竺桂的谱系地理学研究》、《假瘤蕨属植物的系统分类学研究、《淀粉品质影响甘薯产量的机理研究》4项国家自然科学基金资助项目获得资助。
国家自然科学基金是国家为提升自主创新能力培养科学技术人才而设立的一项专项基金，获得国家基金的类别和数量是衡量科研单位基础研究能力和水平的重要指标。2011年底我园成功注册为国家自然科学基金依托单位，2012年度为首次自主申报，在申报过程中，我园领导高度重视，进行了统一部署积极推进，加强了对国家自然科学基金重要性的宣传，提高了广大科研人员申报国家自然科学基金的积极性。同时，辰山植物园科研部工作人员还对所有的申报项目进行了严格审查，通过申请人自查与科研部审查相结合等多种方式，提高了国家自然科学基金的申报数量和质量。
2012年度共组织申报项目12项，获资助4项，取得了历史性突破，标志着该园的科学研究正在稳步迈入国家级科研行列。上海辰山植物园喜获4项国家自然科学基金项目