日前，上海市林业总站获上海市编制委员会沪编【2012】287号文批复，更名为上海市林业总站（上海市林业病虫防治检疫站、上海市林木种苗管理站），即原上海市林木花卉育种中心更名为上海市林木种苗管理站。机构性质及原核定的80名编制维持不变。
近年来，随着林业建设不断向管理转变，种苗工作要求越来越高，从法律层面看，国家颁布了《种子法》和《植物新品种保护条例》，用法律形式规范林木种质资源保护、品种选育审定、林木植物新品种保护，以及种子生产、经营行为。从国家管理层面看，国家林业局强调种苗是林业的命根，是生态建设的基础和前提，林木种苗工作是基础工程、未来工程、命脉工程。从上海林业发展看，上海是国际化大都市，经济、社会发展追求高质量高效益，而绿化林业建设是上海经济社会发展的重要组成部分。因此，建立上海市林木种苗管理机构，加强种苗行业管理和种质资源收集保存，推进全市林木良种体系建设，夯实林木良种审（认）定、林木质量检测和林木种苗两证的执法监管工作具有十分重要的意义。
设立后的上海市林木种苗管理站将以《种子法》和国家林业局种苗管理部门相关要求为依据，逐步调整夯实相关工作，最终形成如下工作职能：
一、宣传贯彻国家林业种苗管理方面的方针、政策、法规、标准 ；起草制定本市林业种苗有关政策法规、技术标准及发展规划并组织实施。
二、承担林木种子生产许可证、林木种子经营许可证的核发和管理工作，开展林业种苗行政执法检查。
三、承担林木良种审定、认定工作，组织林木良种的宣传、推广和应用。
四、负责林木种苗质量监督检验和质量合格证、标签发放，开展种苗质量检验人员的资格认证（培训、考核、发证）。
五、负责《植物新品种保护条例》宣传贯彻，打击侵犯新品种权的不法行为。
六、负责林木种苗行业管理工作，组织全市范围内苗木普查、统计和信息工作，承担国家和市级林木良种基地建设与管理，以及国家林业局委托的进口林业种苗免税初审工作。
七、负责全市林业种苗行业技术指导，推进良种体系建设。
八、负责全市林木种质资源收集保存，开展新优种苗的引种、筛选、培育、开发、示范、推广工作。