2014年3月2日，根据《全国第二次陆生野生动物调查调查专家委员会办公室关于切实做好全国第二次陆生野生动物资源调查同步调查试点的通知》，上海市选择南汇东滩和崇明东滩两个样区进行了同步水鸟的试点调查。
南汇样区包含4条样线，分别位于大治河北、大治河南、芦潮港和滴水湖。本次调查共记录到水鸟32种，2206只，其中数量最多的为黑腹滨鹬（Calidris alpina），达468只，另有罗纹鸭（Anas falcata）、环颈鸻（Charadriusalexandrines）和凤头潜鸭（Aythya fuligula）的数量均超过了200只。在本次调查过程中，调查组在芦潮港发现1只华东地区极为罕见的北极鸥（Larushyperboreus）。
崇明东滩样区包括6条样线，分别位于东旺沙、捕鱼港北、捕鱼港南、白港、水鸟栖息地修复区和湿地公园。在调查中，崇明东滩6条样线共记录到水鸟16种，4216只，其中数量最多的为绿头鸭（Anas platyrhynchos），达3544只。在调查中记录到国家二级重点保护野生鸟类脸琵鹭（Platalea minor）5只。