随着崇明东滩互花米草生态控制和鸟类栖息地优化工程的进展，优化区域内环境得到明显改善。优化区内新挖随塘河、水系面积增多，鱼类、虾类、螃蜞等生长迅速，既是鸟类的安全栖息场所，也是鸟类良好的补充觅食地。然而，一些不法分子在利益的驱使下，使用地笼等工具，进行偷渔捕捞，对保护区内生态资源造成了严重破坏。为加强保护区优化区域的管理，巩固优化区域建设成果，上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理处在近期开展集中整治行动，严厉打击违法捕捞等行为。
5月以来，保护区管理处及管护站出动巡护执法人员210多人次。白天，执法人员对保护区内河道、优化区水域开展搜寻，共清除地笼42张，定置网具200多米；夜间，保护区管理处加强主要道口的检查与值守，开展重点区域巡查，重点盯防保护区周边承包河道户，组织夜间突击执法行动，并查获多名捕捞人员。同时，保护区工作人员主动深入社区，积极向立新村村民、施工单位和施工人员开展宣传教育。
此次集中整治行动仍在进行中，保护区在积极打击违法捕捞行为的同时，也正积极研究长效管理机制。