根据上海市公民科学素质工作领导小组办公室、上海市科普工作联席会办公室《关于举办2016年上海市“全国科普日”活动的通知》要求，2016年上海市“全国科普日”活动于9月17日—23日集中开展。今年“全国科普日”的主题为“创新放飞梦想，科技引领未来”。为配合今年“全国科普日”，上海崇明东滩鸟类科普教育基地在科普日期间全部展项对外开放（除生命之旅展项整点播放），活动期间还在2号馆自然教室内播放保护区宣传影片，并在部分展项前设置讲解服务，通过讲解湿地、鸟类的相关知识，让人们能更深入了解湿地、保护区和鸟儿们的生活。
今年上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理处还将组织系列活动走进周边社区及工地，为居民和工友们作科普讲座、播放保护区的科普影片，普及保护区相关的法律知识，宣传保护区正在建设的生态修复项目和家园守护圈项目，使人们深入了解生态修复的意义。
保护区东滩鸟类科普教育基地9月17至23日开放时间为上午9:30至11:30，下午13:30至15:30，活动期间科普教育基地四个展馆展项全部开放，其中三号馆的影片在活动时间段内整点播放一次（10:00、11:00、14:00、15:00）；二号馆自然教室内的宣传片在活动时间段内循环播放，参观者可以任意观看。