原生睡莲，代表了睡莲悠久的历史和最原始的生长状态。第五届上海荷花睡莲展期间，在古猗园盆景园精致的小水池中展示了部分原产巴西及非洲的原生热带睡莲品种，其中不乏现代流行品种的祖先。
值夜班的‘小雪夜’Nymphaea potamophlia，原产巴西北部亚马逊州。花色奶油白，仅瓣尖和边缘绿色，并且在夜间开放，因而名为小雪夜。虽然花比较小巧，但与同样不算很大的叶片也很搭配，它的叶片长卵形，全缘但裂开较大。这个“值夜班”的品种一般从晚上8点开始绽放，到次日清晨8点渐渐闭合。在古猗园里，要见到它的容貌只能赶早了。
会胎生的‘小花’Nymphaea Micrantha，是来自非洲西海岸的原生种，花浅紫白色瓣尖泛蓝，瓣上带有较多不规则小的白斑点。花虽小但开的繁盛，最有趣的是它的胎生现象，几乎每个叶片上都可以长出一个小植株，所以繁殖力较强。这些优良的特征使它成为育种家最爱选的母本，像伊斯兰达、查尔斯托马斯、和平巴拿马等等现代的品种都是选用小花做为母本而育出。
尼罗河的蓝莲花‘埃及蓝’Nymphaea Caerulea，原产非洲北部和中部。花色泛天蓝色，基部近白色，瓣尖浅蓝色，约14-20瓣，雄蕊附属物也是浅蓝色。虽然和蓝莲花并不像，但其蓝色基因确很纯正，是‘蓝美人’Nymphaea Blue Beauty的母本。
