城市环境中对苗木健康危害较大，又常常容易被忽视的一个重要方面，是城市的土壤 污染。由于有害物质沉淀堆积，以及病原微生物所造成的土壤污染，当超过土壤自净能 力时，引起土壤系统成分、结构和功能的变化，土壤微生物活力受抑制或破坏，肥力渐 降或盐碱化，导致土壤正常功能失调，土壤质量下降，影响树体的正常生长发育。同时 土壤污染物又向环境输出转化，使大气、水体等进一步污染，对生态系统影响非常严重， 应该予以重视。
土壤中的重金属离子及某些有毒物质，如砷、镉、过量的铜和锌等，能直接影响树体生 长和发育或在体内积累。髙浓度的铅能使土壤碱化，使苗木的水分和养分吸收变得困难，并引起 缺素症。